Generalitat de Catalunya - gencat.cat

Contractació Pública

 

Dubtes i preguntes

Òrgan de contractació:
Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer
Codi d'expedient:
I18.0013SS

(*)Camps obligatoris

Enviar pregunta

 

La empresa Sistemas Genómicos pregunta: Buenas tardes, Escribo en relación al proceso de licitación publicado con nº exp EXP I18.0013SS ( Secuenciación de muestras RNA tejido cerebral y cultivo fibroblastos) Querría hacerles llegar la siguiente pregunta respecto a los pliegos técnicos: ¿ Preparación de librerías y secuenciación de aproximadamente 50 muestras de RNA provenientes de muestras humanas procedentes de regiones cerebrales obtenidas post-mortem y cultivo de fibroblastos. Las muestras contenidas en una remesa deben ser secuenciadas simultáneamente. La profundidad de la secuencia debe ser igual o superior a 45 millones de lecturas por muestra con lecturas de 100 bases desde ambos extremos (pair-end). Debido a la particularidad de las muestras, estimamos un 15% de muestras parcialmente degradadas (RIN 4-7), lo cual requerirá de kits específicos para la preparación de las librerías de cDNA. En el punto destacado necesitaríamos saber si se refieren a 45 millones de clusters o unos 25 millones de clusters para dar 50 millones de lecturas. Quedamos a la espera ,para poder valorar las aptitudes técnicas Muchas gracias, 08/11/2018 15:24h
Buenas tardes,

Nos habían realizado esta pregunta anteriormente:

En el apartando 2.2 del pliego técnico se pide una profundidad de secuenciación mínima de 45 millones de lecturas por muestra. ¿Nos podríais confirmar que sería válido considerar estos 45 millones como la suma de 22,5 Forward y 22,5 Reverse?

Contestación: Sí, es correcto.

Entiendo que esta pregunta es similar:
En el punto destacado necesitaríamos saber si se refieren a 45 millones de clusters o unos 25 millones de clusters para dar 50 millones de lecturas.

Contestación: Al tratarse de una secuenciación pair-end nos referimos con "cobertura mínima" a la suma de ambos extremos."
Bon dia, es posible acceder a una oferta ya enviada para modificar unos datos? Gracias 05/11/2018 17:11h
Bona tarda,

Pregem es posin en contacte amb el Servei d'Atenció a l'Usuari telf. 902884488 ext. 31 perque els indiquin de quina manera es pot modificar les dades.

Atentament,
Buenos días, En el anexo núm.2 (apartado B) se establece que se otorgarán hasta 10 puntos por mejorar la profundidad de lectura especificado en el apartado 2.2 del PPT (5 puntos por cada 25x extra). Pero como en el PPT se habla de "million reads" ya que la profundidad de lectura en el RNA-Seq no es uniforme (ya que depende de los niveles de expresión), ¿por cada cuántos millones de lectura, por encima de los 45 que se establecen en el PPT, se asignan puntos? Muchas gracias por su atención. Un cordial saludo, 30/10/2018 13:32h
Buenos días,

Contestada en la pregunta anterior.

atentamente,
Buenos días, En el anexo núm.2 (apartado B) se establece que se otorgarán hasta 10 puntos por mejorar la profundidad de lectura especificado en el apartado 2.2 del PPT (5 puntos por cada 25x extra). Pero como en el PPT se habla de "million reads" ya que la profundidad de lectura en el RNA-Seq no es uniforme (ya que depende de los niveles de expresión), ¿por cada cuántos millones de lectura, por encima de los 45 que se establecen en el PPT, se asignan puntos? Muchas gracias por su atención. Un cordial saludo, 30/10/2018 13:11h
Buenos días,

El dia 19/10/2018 publicamos una Enmienda del PCAP y el Anexo 3 "Criterios de Adjudicación" referente a éste criterio.

Ruego se descargen los documentos correctos a ver si con la modificación quedan aclaradas sus dudas. Si no quedamos a su disposición para cualquier aclaración.

Atentament,
Buenos días, De la empresa DREAMgenics hemos recibido la siguiente consulta: "En el apartando 2.2 del pliego técnico se pide una profundidad de secuenciación mínima de 45 millones de lecturas por muestra. ¿Nos podríais confirmar que sería válido considerar estos 45 millones como la suma de 22,5 Forward y 22,5 Reverse? " 25/10/2018 11:56h
La respuesta es: "Sí, es correcto"
Bon dia 1) En el Anex n. 3 en el criterio "Millora de la Profunditat de lectura per sobre de l'establerta com a esencial a l'apartat 2.2 del PPT" esta escrito que se asignaran 5 puntos per a cada 25X adicionales. El 25X se refiere a millones de reads o a otra unidad? 2) En el PLIEGO DE PRESCRIPCIONES TÉCNICAS en el punto 2.3 dice "Mapeado de las lecturas en el genoma humano, obtención de los valores de expresión de todo tipo de transcritos, descritos previamente o no". Que se requiere exactamente para definir transcritos no previamente descritos? Hay requisitos específicos? Gracias 25/10/2018 10:30h
Buenos días,

De la consulta 1) : el dñia 19/10/2018 publicamos unas Esmena donde quedaba resulta esta duda. Por favor, descargense de nuevo el PCAP y el Anexo 3.

Referente a la consulta 2) copio literalmente la respuesta del investigador: "Detección de transcritos/isoformas no descritos generados por ejemplo mediante splicings aberrantes "

Esperamos hayan quedado resueltas sus dudas.

atentamente,
Avís legal  |  Sobre el web  |  © Generalitat de Catalunya